A kis holdruta (Botrychium lunaria) a kígyónyelvfélék családjába tartozó 3-35 cm magas, évelő holdruta-féle. Föld alatti gyöktörzséből hajt ki a kígyónyelvfélékre jellemző asszimiláló (meddő) és spóratermő karéjra (sporofillumfüzér) tagolódott levele, amelynek karéjai egyaránt 1-2-szeresen szárnyasan összetettek. A meddő levélkaréj 3-9 számú, félhold v. ferde legyező alakú, ülő levélkékből áll, ezek ép szélűek, esetleg helyenként bemetszettek, bőrneműek. A spóratermőrész a meddő karéjhoz hasonlóan tagolt, amelynek ágain két sorban ülnek az éretten barnássárga spóratartó tokok.
