Zalaszántóról az első hiteles oklevél 1236-ból való. A Zamtho (Zamtow) nevű helyiséget első ismert birtokosa, Zaland püspök hagyta a veszprémi egyházra a XIII. század második felében. A település neve - Szántó - a "szánt" igéből származik, és arra utal, hogy földműves, szolgáló népek lakták. A XV. században Zala vármegye törvénytevő gyűléseinek egyik székhelye. Ebben az időben emelték mezővárosi rangra. A róla elnevezett járáshoz több település is tartozott (Zsid, Rezi, Kovács, Hidegkút). A település a török időben elpusztult. A XVIII. századtól a Festetics család birtoka.
A korai leírások szerint már a török idők alatt is fekvőköves vízidaráló malom működött a jelenlegi helyén 1876-ban Zalaszántón 4 daráló vízimalmot írtak össze.
A XX. század folyamán (kb.1915 körül) Zalaszántón 2 gőzmalom és a Major János féle vízidaráló malom működött. 1930-ban iparoskör alakult. A Major János-féle vízimalom a XX. század folyamán Kotsy Nándor tulajdonába került, innen származik mai elnevezése.
1946-ban teljesen új malom épületet épített az új tulajdonos, azzal a szándékkal, hogy egy modern lisztőrlő malmot hozzanak létre.
A malomkereket a közelben eredő Kovácsi- vagy Zerna-patak vize hajtotta. 1947-ben az iparosokat szövetkezetbe tömörítették, az üzemeket pedig államosították, így a lisztőrlés nem jött létre. Későbbiekben Kotsy család csak az állatok részére takarmánygabonát darált egészen 1974-ig. A darálás meghajtását rövid ideig egy darab 390 cm átmérőjű, felül csapott vízikerék, majd dízelmotor biztosította, később villamosenergia-meghajtásra szerelték át.
Az elhanyagolt épületet a Balaton-felvidéki Nemzeti Park Igazgatóság 2000. januárjában vásárolta meg, magyar-svájci együttműködés keretében. A Környezetvédelmi és Vízügyi Minisztérium támogatásával 2003-ban az épület felújítása, 2004-ben a bemutatóhely kialakítása Széchenyi Terv pályázatból, 43 millió Ft támogatásból valósult meg.
