Das lauwarme Wasser, das aus den tieferen Schichten des Kalksteins aus der Sarmata-Zeit ausbrach, öffnete die Hohlräume der Seehöhle. Neben den derzeit bekannten Hohlräumen können viele unerforschte Hohlräume und Höhlensysteme unter Tapolca sein.
1981 verschwand die Wassermenge, die es für das Bootfahren geeignet machte, infolge des Abbaus des Karstwassers aus der Höhle. Mit der Aufgabe des Bergbaus und der Wassergewinnung stieg der Wasserstand der Höhle wieder an, zusammen mit dem Karstwasserstand, so dass man in 1998 wieder in der Höhle Boot fahren konnte.
