1903 wurde die Seehöhle in Tapolca während des Aushebens eines Brunnens zufällig entdeckt. Bereits 10 Jahre später eröffneten dann die Tore für Besucher. Dadurch war es die erste Höhle Ungarns, die elektrisch beleuchtet und touristisch genutzt wird.
Das Gestein, das die Höhle umschließt, entstand im Sarmaten-Zeitalter des Mittel-Miozäns vor 13,7 Millionen Jahren aus den Kalkstein- und Mergelschichtsedimenten. Die sich einst im Sarmatenmeer abgelagerten und zu Kalksteinschichten zusammengepressten Kalkschlammbodensätze kreirten das heute zu bewundernde Gesteinsgemenge. Das junge, vor etwa 21 Millionenjahren entstandene, Sarmaten-Kalkgestein stützt sich auf die besonders breite Dolomitschicht aus dem Oberen Trias.
Der Wassernachfluss der Höhle erfolgt auf zwei unterschiedliche Weisen, was auch die Ausbildung der Höhlengänge erklärt. Vom südlichen Bakony in einer geringen Tiefe her strömende kalte (10°C-warme) Karstwässer erreichen die Gegend der Tapolcer Ebene. Im Bakonygebirge gelangt ein Teil der Karstgewässer aber auch durch die Entwässerungsgräben ins Erdinnere, wo es aufgewärmt wird. Später drängt es dann entlang der Grabenbrüche zurück an die Oberfläche. So strömt auchüber 30°C warmes Thermalwasser aus den Quellen der Kórház (Spital-) und der Berger Károly-Höhle. Das Gemisch aus dem warmen und kalten Karstwasser hat Hohlräume und Gänge in den Kalkstein gewaschen. So entstand im Lauf tausender Jahre auch die Seehöhle von Tapolca, die einen Teil des sich nunmehr auf 14,6 km erstreckenden Höhlensystems unter der Stadt von Tapolca darstellt. Wegen Aufstauungen in der Region wurde der oberste Teil der Höhle trocken und zu Fuß begehbar.
Das zu 20°C gemischte, abgekühlte lauwarme Wasser fließt von der Tapolcer Seehöhle unter der Stadt weiter bis zum Malom-tó, dem Mühlensee, wo es das Tageslicht erblickt. So nährt das aus den zahlreichen Quellen aufströmende und zusammenfließende Wasser seit den Eiszeiten den Tapolca-Bach. Durch Rückstauung des Mühlensees wurde nach Zeiten niedrigen Wasserstands, die Höhle wieder mit dem Boot befahrbar...
Zu den bekanntesten und auffäligsten Vertretern der Tierwelt in der Seehöhle zählt die Elritze (Phoxinus phoxinus), eine winzige Fischart. Im Tapolcaer Volksmund ist sie auch als „csetri” („tschetri” ausgesprochen) bekannt. Die Tapolcaer Seehöhle wurde bereits 1942, weit bevor der allgemeine gesetzliche Schutz der Höhlen in Ungarn in Kraft trat, in Schutz genommen. Außerdem ist sie seit 1982 wegen ihrer geologischen, genetischen, morphologischen, hydrologischen und biologischen Werte unter besonderen Schutz gestellt.
